Medal "Merentibus" przyznaje się z tytułu szczególnych zasług dla UJ. Medal może być przyznany osobie, organizacji lub instytucji zarówno z kraju, jak i z zagranicy. Wyjątkowo Medal "Merentibus" można przyznać również pracownikowi Uniwersytetu Jagiellońskiego. Decyzję w sprawie przyznania medalu podejmuje (na wniosek Rektora) Senat UJ w drodze uchwały.
Wręczenia medalu dokonuje Rektor w czasie uroczystości akademickich. Wraz z medalem wręcza się wyróżnionemu dyplom oraz uroczyście odczytuje treść wpisu do Księgi Odznaczonych.