Społeczność Akademicka Uniwersytetu Jagiellońskiego każdego roku wspomina w dniu 6 listopada rocznicę Sonderaktion Krakau - podstępnej akcji gestapo z 1939 roku, w wyniku której 183 krakowskich profesorów i nauczycieli akademickich, w tym 155 pracowników Uniwersytetu Jagiellońskiego, zostało aresztowanych, a następnie wywiezionych do obozów koncentracyjnych w Sachsenhausen i Dachau, gdzie kilkunastu z nich straciło życie.

Dzień ten rozpoczyna zawsze msza żałobna w kolegiacie św. Anny w intencji wszystkich poległych i zmarłych profesorów uniwersyteckich, pracowników i studentów. Po mszy św. władze UJ, a także przedstawiciele wszystkich wydziałów i studenci, udają się na cmentarze krakowskie, by złożyć kwiaty na mogiłach ludzi szczególnie zasłużonych dla nauki polskiej i dla Uniwersytetu.

Następnie w sali LXVI Collegium Novum, gdzie w 1939 roku nastąpiło aresztowanie profesorów odczytywany jest apel poległych. Zebrani wysłuchują przemówienia Rektora UJ oraz okolicznościowego wykładu.

W 2015 roku po raz pierwszy Uniwersytecki Dzień Pamięci obchodzony był wspólnie z innymi krakowskimi uczelniami, zatem tę tragiczną rocznicę obchodzimy odtąd jako Akademicki Dzień Pamięci.